Музей посвящен памяти евреев — жертв нацистских репрессий. Открытие экспозиции состоялось в 1996 году. На то время это был единственный в Украине музей подобной тематики. Основу коллекции составили материалы и документы, касающиеся преследования и уничтожения евреев в годы Второй мировой войны, фотографии, вещи, которые пережили своих хозяев. В музее также хранятся экспонаты, посвященные первому в мире судебному процессу над нацистскими преступниками, который состоялся в освобожденном Харькове в 1943 году.